La CRSA s'organise autour d'une assemblée plénière, d'une commission permanente et de quatre commissions spécialisées.
Elle se compose d’un maximum de 100 membres issus de 8 collèges :
- Collège des représentants des collectivités territoriales
- Collège des représentants des usagers de services de santé ou médico-sociaux
- Collège des représentants des conférences de territoire
- Collège des partenaires sociaux
- Collège des acteurs de la cohésion et de la protection sociale
- Collège des acteurs de la prévention et de l’éducation pour la santé
- Collège des offreurs des services de santé
- Collège de personnalités qualifiées
Et de membres consultatifs avec voix délibératives :
- le Préfet de région ;
- le Président du conseil économique et social régional ;
- les chefs de services de l’Etat en région ;
- le Directeur général de l’agence régionale de santé ;
- un membre des conseils des organismes locaux d’assurance maladie relevant du régime général
- un administrateur d’un organisme local d’assurance maladie relevant de la mutualité sociale agricole
- le président de la caisse de base du régime social des indépendants
En Martinique, la CRSA est présidée depuis novembre 2014 par Mr Marcel Clodion et ce pour une durée de 4 ans.